在晴朗明媚的一天 ，羊村正舉行防禦係統揭幕儀式 ，這是慢羊羊村長的最新發明 ，該係統可以抵製上千伏的電壓。誰知這時灰太狼突然出現攪局 ，不久前他發明了羊味罐頭 ，由此成為當今最炙手可熱的科學家 ，可是沒能抓到小羊依然是他心中隱隱的傷痛 。灰太狼操縱天氣控製器與羊羊特工隊展開殊死搏鬥 。受傷的喜羊羊偶然結識了熊貓旺財 ，而對方的真實身份是滅絕了許久的蛇 。受挫的灰太狼專心升級天氣控製器 ，卻忽略了老婆和灰灰的感受 ，而他的失誤也導致天氣控製器失控 。危難時刻 ，青青草原的各位意外發現久遠以前蛇族發明的諾亞神舟 。可是為了啟動神舟 ，必須得到蛇族的幫助 。為此 ，羊羊特工隊和機械喜羊羊踏上凶險莫測的冒險旅程……本片為《喜羊羊與灰太狼》係列第五部劇場版動畫 。