再見 ，宇宙戰艦大和號 愛的戰士們

ガミラスの侵略を退けてから1年後の西暦2201年 、白色彗星帝國が宇宙の各惑星にその侵略の手を伸ばしていた 。地球は復興をほぼ終え 、都市は活気づき平和に満ちていた 。古代進も護衛艦艦長として輸送補給船団に同行していたが 、偶然 、発信源不明のメッセージを受信する 。そのメッセージは 、救いを求めるような女性の聲であった 。かつてのヤマト乗組員たちは 、危機の正體を突き止めるためにヤマトを発進させる 。テレザート星に到著した古代たちは 、メッセージの発信者であったテレサを救出する 。テレサは 、白色彗星帝國が宇宙の星々を次々と侵略しており 、次に狙っているのが地球であることを告げる 。白色彗星帝國は地球に迫り 、最新鋭戦艦アンドロメダを旗艦とした地球艦隊を全滅させる 。ヤマトは白色彗星の渦の中心核に波動砲を打ち込む 。彗星は火の玉となって炎上するが 、その中から巨大な要塞 、都市帝國が出現する 。激しい戦闘の中で次々と乗組員たちが戦死していく。古代たちは都市帝國內部に侵入して動力爐を破壊する 。しかし 、その都市帝國の內部から超巨大戦艦が出現する 。エネルギーも殆ど盡きているヤマトを嘲笑するズォーダー大帝に向かい 、古代は徹底的に戦う事を告げる 。ある決意を固めた古代は 、生き殘った數少ない乗組員をヤマトから退艦させ 、超巨大戦艦に向けヤマトを発進させる 。そこにテレサが現われ 、ヤマトとともに超巨大戦艦に向かう 。ヤマトは、やがて一筋の閃光を殘し 、宇宙に消えた 。